Vom Forschungsschiff ins Labor: Biosample Information System am GEOMAR
Schnelle Fakten:
- Institution: GEOMAR Helmholtz-Zentrum für Ozeanforschung Kiel
- Daten: Registrierung, Analyse und Verwaltung von Bioproben aus Expeditionen und Experimenten
- Unsere Lösung: Zentrales, digitales Proben- und Lagerverwaltungssystem
- Besonderheiten: Flexible und automatisierte Anpassung des LinkAhead Crawlers an Änderungen des Datenmodells
Mission: Schutz der Meere
Das GEOMAR Helmholtz-Zentrum für Ozeanforschung Kiel untersucht als eine der führenden Einrichtungen der Meeresforschung physikalische, chemische, biologische und geologische Prozesse im Ozean. Im Fokus stehen dabei vor allem der Schutz der Meere und ein besseres Verständnis aktueller Herausforderungen wie des Klimawandels. Zur Datenerhebung setzt das GEOMAR Forschungsschiffe ein, mit denen verschiedenste Bioproben gesammelt werden. Durch die Implementierung unserer Software LinkAhead konnte das zuvor dezentrale Bioprobenmanagement in ein voll digitalisiertes, zentral organisiertes Biosample Information System überführt werden.
Automatisierter Workflow: Von der Probenregistrierung bis zur Archivierung
Noch bevor ein Forschungsschiff ausläuft, werden zur optimalen Vorbereitung der Probensammlung automatisiert Registrierungsformulare angelegt. Auf See sammeln die Forschenden eine Vielzahl an Bioproben pflanzlichen und tierischen Ursprungs. Die Proben werden registriert und Probeninformationen wie z.B. Ort und Zeit der Probenentnahme werden in CSV-Tabellen erfasst. Der LinkAhead Crawler übernimmt nach der Rückkehr die Synchronisation dieser Daten.
Angekommen in den Laboren des GEOMAR unterstützt LinkAhead dein hohes Maß an Flexibilität im Forschungsprozess: Forschende können das Datenmodell im Webinterface flexibel erweitern, um auch unvorhersehbare Informationen zu erfassen. Der LinkAhead Crawler kann auch diese Erweiterungen dynamisch weiterverarbeiten. Neben aller Flexibilität können kontrollierte Vokabularien zur einheitlichen Probenkatalogisierung verwendet werden.
Zusätzlich stellt LinkAhead eine strukturierte Lagerverwaltung sicher, die jede Probe eindeutig auffindbar macht. Entstehen im Verlauf der Analysen Teilproben, lassen sich diese ebenso wie Publikationslinks oder neue Speicherorte direkt im System ergänzen und aktualisieren.
Zugänglichkeit und Nachnutzbarkeit
Mit einem übersichtlichen Webinterface und intuitiver Suchsprache ist das auf LinkAhead basierende Biosample Information System in der Praxis sowohl für Wissenschaftler*innen, Techniker*innen als auch Data Manager einfach zu nutzen. Die Anschlussfähigkeit des Systems an andere Dateninfrastrukturen und Repositorien, wie das Marine Data Portal und das Ocean Science Information System for Expeditions (OSIS), gewährleistet zudem eine nachhaltige Nachnutzung der erhobenen Daten.